Centralização da política do Vice-Rei no Malabar e no aprovisionamento das cargas das naus da Carreira da Índia.

O conflito entre D. Francisco de Almeida e Afonso de Albuquerque. Contraposição da teoria do afrontamento entre os partidários do poder naval, defendido por D. Francisco, e o poder das fortalezas (império terrestre) sustentado por Afonso de Albuquerque. 

A divisão entre as duas facções residia muito mais nas diferentes concepções que defendiam para o que devia ser o futuro "Estado da Índia": os partidários do vice-rei pretendendo assegurar apenas o regular abastecimento das  naus da Carreira da Índia e o "encerramento "  dos portos do Malabar, de forma a impedir a circulação da pimenta, das drogas para os portos do Levante; os de Albuquerque apostando tudo na criação de um império em rede, como tão bem o definiu Luís Filipe Thomas .